侯..传
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认为陈武帝有大器量，必定能够容纳自己，便到朝廷请罪，陈武帝恢复了他的爵位。永定二年(558)，晋位为司空。文帝即位，又进任太尉。王琳到栅口时，朝廷又任命
侯瑱为都督，侯安都等都隶属于他。
天嘉元年(560)二月，王琳率领他在合肥、巢湖的部众，乘船依次而下。
侯瑱领军队进至兽槛洲。第二天两军交战，王琳军队略略后退。晚上，东北风将王琳的船只全都刮坏了。夜里有流星坠入敌人营垒中。当天亮后风停了，王琳进到江边，用鹿角围在岸上，不敢再出战。当时西魏的将领史宁占据上游地区，
侯瑱得知后，知道王琳难以维持很久，便把军队收回据守湖边，等待对方自败。史宁到后，包围了郢州。王琳害怕众人溃散，便带领船只东下，在离芜湖十里的地方停泊。第二天，齐人派兵援救王琳。
侯瑱让军中烧早饭并在寝席上吃饭，船停在芜湖的洲尾等待王琳。准备交战时，有微风从东南而来，众军施放火种，定州刺史章昭达乘坐平虏大舰从江中进击，王琳军队大败，逃走而幸免死亡的只有十分之二三，王琳因此跑到齐国去了。
当年，诏令
侯瑱为都督五州诸军事，镇守盆城。周将贺若敦、独孤盛等来攻巴、湘时，又任命侯瑱为西讨都督，大败独孤盛的军队。他因功被任命为湘州刺史，改封零陵郡公。天嘉二年去世，追赠为大司马，谥为“壮肃”，配享于陈武帝的庙中。他的儿子侯净藏继嗣，娶了陈文帝的女儿富阳公主。